Na terenach północnych nizin Europy następuje spadek populacji żółwia błotnego. Opierając się na teorii genetyki populacji, długoterminowym celem projektu jest osiągniecie wielkości 500 osobników w każdej przetrwałej populacji tego gatunku. Obecnie bardzo niewiele populacji żółwia błotnego zbliża się do tego kryterium, większość z nich ma wielkość od 10-50 osobników dorosłych. Jeżeli dostępny habitat jest ograniczony (np. pomiędzy intensywnie użytkowanymi polami), kryterium może być osiągnięte poprzez tworzenie nowych habitatów, a w niektórych ekstremalnie małych populacjach żółwia błotnego w Polsce być może jedyną możliwością jest odchów i wypuszczanie żółwi.Poniżej przedstawione są głownie zagrożenia dla żółwia błotnego.
1. Fragmentacja środowiska i migracyjne bariery
Intensywne rolnictwo, budownictwo i drogi a także melioracje i zmiana środowiska spowodowały, że populacje żółwia błotnego uległy fragmentacji. Większość populacji została zredukowana, przepływ osobników oraz wymania genetyczna pomiędzy poszczególnymi populacjami została zahamowana. Na Litwie, Niemczech i w Polsce żółw błotny żyje w różnych lokalnych populacjach bardzo blisko razem (dystans < niż 5 km), ale większość miejsc nie pozwala na istnienie większych populacji - szczególnie rzadkie są odpowiednie stawy i miejsca lęgowe.
Na Litwie, w Niemczech i Polsce większość z (meta) populacji żółwia błotnego została zniszczona. Obecnie jest wiele nieproduktywnych populacji gatunku, które są zbyt małe lub nie mają sukcesu lęgowego, a wzrost izolacji powoduje, że są to zanikające populacje.
Meta-populacja to grupa powiązanych lokalnych populacji, gdzie obserwowana jest regularna wymiana osobników. Każda lokalna populacja żółwia błotnego potrzebuje skupiska małych zbiorników wodnych (stawów) i blisko nich położonych kilku miejsc lęgowych dla krótkoterminowego przeżycia. Stawy urozmaicają środowisko do rozrodu, żerowania i hibernacji. Tylko mała liczba populacji lokalnych żółwi błotnych na Litwie (< 10% całej populacji) i w Polsce (< 10% populacji) i ma dostateczną liczbę osobników do krótkoterminowego przeżycia. Osobniki w większości lokalnych populacji są rozproszone co minimalizuje sukces reprodukcyjny poprzez rzadkie spotkania pomiędzy samcami i samicami podczas sezonu lęgowego. Konsekwencją jest składanie niezalężonych jaj przez samice. Niska temperatura inkubacji na nieodpowiednich miejscach lęgowych jest także przyczyną małego sukcesu lęgowego.
2. Genetyczne zanieczyszczenie przez allochtoniczne osobniki
W ciągu trzech ostatnich dekad pojawiły się w Niemczech allochtoniczne żółwie z auto populacji, które zniszczyły pule genową (są bardzo małe i podatne na choroby). Ten fenomen pojawił się również w zachodniej Polsce. Utrata specyficznego przystosowania zmniejsza zdolność do przeżycia populacji.
3. Zarastanie akwenów
Zarastanie powoduje zanik otwartych luster wody i prowadzi do dużych strat wszystkich gatunków zależnych środowiska wodnego. Zarastanie krzewami i drzewami niszczy odpowiednio nagrzane miejsca dla żółwi. Żółw błotny potrzebuje nagrzanych otwartych wód do gromadzenia energii słonecznej szczególnie po okresie hibernacji, podczas okresu rozrodu i wzrostu młodych. Samce zużywają więcej energii podczas okresu kopulacji, a samice podczas składania jaj. Żółwie w zasięgu północnym z krótkim latem używają energii słonecznej bardziej intensywnie niż żółwie w europie południowej. Osiągając wyższą temperaturę ciała wzrasta współczynnik metabolizmu, który przyspiesza proces kumulowania energii na długą zimę. Tak więc dostępność miejsc nasłonecznionych (nagrzanej wody) jest czynnikiem limitującym północną populację żółwia błotnego.
4. Utrata miejsc lęgowych
Żółwie błotne preferują otwarte tereny piaszczyste suchych łąk jako miejsca lęgowe. Ekologiczne potrzeby miejsc lęgowych nie różnią się w północnym zasięgu gatunku. O sukcesie lęgowym decyduje odpowiedni mikroklimat tych miejsc. Głównym czynnikiem powodującym utratę miejsc lęgowych jest zarastanie krzewami i drzewami oraz antropogeniczna sukcesja. Zacienianie krzewami i drzewami obniża temperaturę ziemi i wpływa ujemnie na sukces lęgowy.
Utrata odpowiednich miejsc lęgowych zmusza samice żółwia do szukania mniej dogodnych i dalej położonych miejsc do składania jaj, co również obniża sukces lęgowy. Tereny lęgowe powiązane z oczkami wodnymi są niezbędne do znoszenia jaj. Samice mogą tu znaleźć miejsca do odpoczynku, ukrycia i żerowania, a także do wypełnienia wodą pęcherza moczowego przed złożeniem jaj. Dostępność odpowiednich miejsc lęgowych jest krytycznym czynnikiem wpływającym na dynamikę populacji.
5. Brak miejsc hibernacji
Żółw błotny potrzebuje szczególnych miejsc do hibernacji. Żółwie wykorzystują jeziora, mokradła i całoroczne stawy do hibernacji. Działalność człowieka zmieniła systemy wodne i miała negatywny wpływ na miejsca hibernacji. Miejsca te często usytuowane są obok podziemnych źródeł lub przepływowych cieków, gdzie jest lepsze natlenienie i mniejsze ryzyko zamarznięcia gruntu. Długi okres zamarznięcia miejsc hibernacji może powodować śmierć żółwi. Emys orbicularis wykazują duże przywiązanie do miejsc hibernacji, a koncentracja osobników powoduje łatwiejsze znalezienie partnera wiosną ponieważ zaraz po przebudzeniu następuje okres kopulacji.
6.Utrata terenów lądowych - lęgowisk
Żółw błotny potrzebuje otwartych trenów do zakopywania jaj i niezacienionych trenów lądowych na akwenach. Podczas okresu aktywności żółwie poruszają się na lądzie w poszukiwaniu innych terów wodnych lub szukają miejsc lęgowych. Zarastanie trenów migracyjnych może wpłynąć na sukces lęgowy oraz obniżyć kondycję poszczególnych osobników ze względu na brak energii słonecznej.
7. Rolnictwo
Wiele stawów i oczek wodnych wykorzystywanych przez żółwie błotne w północnej Europie leży na terenach rolniczych. W ciągu ubiegłego wieku intensywne rolnictwo zniszczyło wiele obszarów szczególnie w Niemczech, co doprowadziło do fragmentacji siedlisk tych gatunków. Fragmentacja siedlisk powoduje wzrost dystansu pomiędzy sub i sąsiednimi populacjami, a za tym izolację i spadek wymiany genetycznej i różnorodności populacji. Równocześnie zmniejsza się odpowiednie środowisko dla populacji i możliwości jej wzrostu. Uprawa terenów rolniczych wpływa na sukces lęgowy żółwi, ponieważ samice są niepokojone przez maszyny rolnicze oraz mogą zostać zranione lub zabite. Straty reprodukcyjnych samic są szczególnie niebezpieczne w małych populacjach występujących w Niemczech i w ponad 80% polskiej i litewskiej populacji.
8. Drapieżnictwo na terenach lęgowych
Drapieżnictwo jest naturalne w świecie dziki zwierząt dlatego też jenot, lis, dzik i krukowate mogą niszczyć gniazda żółwi. Współczynnik drapieżnictwa zależy od gęstości i różnorodności drapieżników. W niektórych populacjach żółwi wynosi on ponad 90%. W przypadku północnych regionów, kiedy coroczny sukces lęgowy ze względów klimatycznych nie jest możliwy, duże drapieżnictwo może być bardzo szkodliwe dla małych i izolowanych populacji. Utrata miejsc lęgowych i specjalne warunki konieczne w miejscach lęgowych powodują, że samice danej populacji wykorzystują do składania jaj te same miejsca. Dla drapieżników znalezienie złoża jaj w takich skoncentrowanych miejscach jest łatwiejsze do penetracji i powoduje większe straty w małych populacjach. Wszystkie niemieckie populacje oraz ponad 80 % populacji polskiej i litewskiej jest zbyt małych zrekompensować wysokie straty dużym sukcesem lęgowym.
9. Słabe zainteresowanie złożoną problematyka ochrony środowiska
Można powiedzieć, że nastawienie miejscowych rolników, lokalnych autorytetów, właścicieli gruntów i organizacji pozarządowych do żółwi błotnych jest pozytywne. Jednak wiedza dotycząca tego gatunku, środowiska i czynników zagrażających jest wysoce niewystarczająca nawet wśród specjalistów od ochrony. Wszyscy zainteresowani powinni być informowani i edukowani na temat statusu ochronnego, uwarunkowań środowiskowych niezbędnych do ochrony. Jest bardzo istotne aby podnieś stopień poznania i zainteresowania żółwi błotnych i innych zagrożonych gatunków gadów i płazów w środowisku specjalistów, a także wśród lokalnej społeczności i organizacji pozarządowych.
10. Brak międzynarodowej współpracy
Żółw błotny jest zagrożony we wszystkich krajach europejskich w których występuje. Międzynarodowa współpraca pozwoli na osiągnięcie lepszych efektów w ochronie gatunku, na wypracowanie wspólnych metod monitoringu, ochrony siedlisk oraz finansowania działań ochronnych.
